Phường Phú Tân được thành lập vào ngày 9 tháng 2 năm 2009 trên cơ sở điều chỉnh 295,53 ha diện tích tự nhiên và 4.664 người của phường Phú Khương; 64,6 ha diện tích tự nhiên và 1.825 người của xã Phú Hưng.[1]

Khi mới thành lập, phường có 360,13 ha diện tích tự nhiên và 6.489 người.

Ngày 5 tháng 4 năm 2013, phường Phú Tân được mở rộng trên cơ sở sáp nhập 40,76 ha diện tích tự nhiên và 305 người của xã Hữu Định, huyện Châu Thành.[3]

Sau khi điều chỉnh, phường có 419,39 ha diện tích tự nhiên và 7.459 người.